磷酸是许多有机磷化合物合成的重要原料。例如，在生产有机磷农药时，磷酸厂家，磷酸参与反应生成具有杀虫、杀菌等功能的有机磷化合物。这些有机磷农药如、等，磷酸批发，在农业害虫防治中发挥了关键作用。同时，磷酸还用于合成类化合物，这些化合物在塑料、橡胶等工业中有广泛的应用，作为增塑剂、阻燃剂等。例如，磷酸三甲酯是一种良好的阻燃剂，它可以添加到塑料中，提高塑料的阻燃性能，减少火灾隐患。
正磷酸是由一个单一的磷氧四面体构成的磷酸。在磷酸分子中P原子是sp3杂化的，3个杂化轨道与氧原子间形成3个σ键，另一个P-O键是由一个从磷到氧的σ配键和两个由氧到磷的d-p配键组成的。σ配键是磷原子上的一对孤对电子向氧原子的空轨道配位而形成。d←p配键是氧原子的py、pz轨道上的两对孤对电子和磷原子的dxz、dyz空轨道重叠而成。由于磷原子3d能级比氧原子的2p能级能量高很多，组成的分子轨道不是很有效的，所以P-O键从数目上来看是三重键，烟台磷酸，但从键能和键长来看是介于单键和双键之间。H3PO4和它的晶体水合物中都有氢键存在，这可能是磷酸浓溶液黏稠的原因。
磷酸根离子具有很强的配合能力，磷酸供应，能与许多金属离子生成可溶性的配合物。如Fe3+与PO43-可以生成无色的可溶性的配合物[Fe(PO4)2]3-和[Fe(HPO4)2]-，利用这一性质，分析化学上常用PO43-掩蔽Fe3+离子，浓磷酸能溶解钨、锆、硅、硅化铁等，并与他们形成配合物。磷酸受强热时脱水，依次生成多聚磷酸，焦磷酸、三磷酸和多聚偏磷酸。三磷酸是链状结构，多聚的偏磷酸是环状结构。
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