原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。
可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
荧光原位杂交（FISH）技术具有以下优点：
可多重染色：利用不同的荧光染料标记不同的探针，可以实现多重荧光原位杂交，从而同时检测多个序列，荧光原位杂交，提高实验效率了。
高度创新性和性：FISH技术不仅可以用于研究已知基因或序列的染色体定位，还可以用于未基因或遗传标记及染色体畸变的研究，在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。
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