蛋白质序列特征：
利用改进型伪氨基酸组成法（PseAAC）、伪位置特异性得分矩阵法（PsePSSM）和三联体编码法（CT）对蛋白质序列进行特征提取，并将这三种方法得到的特征向量进行融合，以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型，然后输入到堆栈式降噪自编码器（SDAE）深度网络里自动学习更有效的特征表示，选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测，可有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。
利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列，提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征，并计算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1～7 阶二肽含量作为另外两类特征，由这三类特征一共得到蛋白质序列的 12 个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理，作为神经网络预测器的输入，可提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。
GaMYB2 在洋葱表皮细胞中的瞬时表达分析：采用基因轰击的方法，用包裹质粒的金粉对洋葱表皮进行轰击，暗培养过夜后，在激光共聚焦显微镜下进行观察，从图A 中可以看出对照GFP空载体在整个洋葱细胞均能看到绿色荧光，为组成型表达；从图B 中发现GaMYB2-GFP 的融合表达载体只能在细胞核中能看到绿色荧光，这进一步证明该蛋白不具有跨膜蛋白结构，定位在细胞核中，具有转录因子的一般特征。
通过对洋葱细胞的亚细胞定位，可以发现洋葱中的类黄酮、多酚等物质主要分布在质膜和细胞壁中。这些物质在质膜上的分布可能与洋葱的抗病性和抗逆性有关，而在细胞壁中的分布则可能与洋葱细胞的机械强度和结构稳定性有关。此外，洋葱中的一些酶类和基因也可能在不同的亚细胞结构中发挥不同的作用。
总之，植物双分子荧光互补，亚细胞定位是研究洋葱等植物细胞中生物活性物质分布和作用的重要方法之一。通过亚细胞定位，可以更好地了解这些物质在细胞内的具体位置和作用机制，为进一步研究洋葱的营养和健康价值提供科学依据。
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