BiFC技术具有许多优点，例如高灵敏度、高特异性和高分辨率。它不仅可以用于研究细胞内蛋白质-蛋白质相互作用，还可以用于研究蛋白质-DNA相互作用和蛋白质-脂质相互作用。此外，BiFC技术还可以用于筛选和疾病，因为它可以快速检测出对蛋白质-蛋白质相互作用的影响。
然而，BiFC技术也存在一些局限性。例如，荧光蛋白可能会对细胞产生毒性作用，而且荧光信号的检测可能需要昂贵的仪器设备。此外，荧光蛋白的荧光信号可能会受到细胞内其他物质的干扰，逆病毒载体构建，从而影响结果的准确性。
为什么不先对一个基因做预测，在预测的结果上直接做共定位？
不同的预测网站有不同的计算方法，同一个基因在不同的预测网站也可能得出不同的定位结果。另外所有的结果都应是基于实验得到的，对于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推荐先做普通定位，根据普通定位的结果再决定做哪种细胞器的共定位。
为什么有的基因做原生质体转化时荧光蛋白不亮？
不同物种的细胞可能对基因表达有影响，当在一种材料的原生质体中观察不到荧光时，可以考虑换一种受体材料。另外，如果是分泌蛋白，在原生质体中无法观察到荧光，此时可以考虑注射叶片来观察荧光。
拍摄时为什么有明场通道？
（1）显示细胞状态，有活力的原生质体细胞应该是饱满圆润的，变形或破碎的细胞说明此时细胞不是适状态或细胞已。
（2）显示荧光确实是细胞内蛋白表达的，而不是细胞碎片及杂质产生的杂光。
亚细胞结构分离定位法
通过离心等技术分离各亚细胞结构，然后从分离物种进一步提取蛋白质，对目标蛋白质进行分析或检测，从而获得目标蛋白的定位。本方法适合研究某蛋白质组级别的细胞器定位，通常与双向凝胶电泳分离和质谱技术相结合。
生物信息学预测
通过生物信息学手段，借助一些在线工具对蛋白的亚细胞定位信息进行预测，这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息，不仅辅助于实验，还能省时省力节约成本。
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