如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，铜陵油舱清洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。形成含有沉淀物和沥青质污泥的半固态物质层，船舶油舱清洗，还会沉淀在燃油管路及沉淀柜和日用柜中。
由于清洗油舱所以污水含有色度，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。在2020年1月1日之前，大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。
清洗过程中也可以同时检查油舱结构、加热系统以及进行压力测试等。除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。
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