NaClO溶液的灭菌原理是通过水解形成的次氯酸，次氯酸再进一步分解就形成了新生态的氧，新生态氧的极强氧化性使得菌体与病毒的蛋白质发生变性，从而使病源微生物发生致死。消毒的原理是以产生出次氯酸的方式实现的。次同氨可以发生反应，在水中生成微量的氯氨化合物，但这种物质是比较安全的杀生药剂，远不及NaClO的实际杀菌能力。
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