荧光原位杂交（FISH）技术具有以下优点：
可多重染色：利用不同的荧光染料标记不同的探针，可以实现多重荧光原位杂交，从而同时检测多个序列，染色体荧光原位杂交，提高实验效率了。
高度创新性和性：FISH技术不仅可以用于研究已知基因或序列的染色体定位，还可以用于未基因或遗传标记及染色体畸变的研究，在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。
植物染色体原位杂交技术的应用非常广泛。例如，它可以用来研究植物基因组的结构和功能，包括基因定位、染色体重组、基因表达和基因组演化等方面。此外，该技术还可以用来检测植物中的染色体异常，如染色体缺失、重复和易位等。
植物染色体原位杂交技术的优点在于它可以直接观察到染色体上的目标DNA序列，原位杂交，而不需要进行PCR扩增或测序等操作。此外，该技术还可以同时检测多个目标DNA序列，荧光原位杂交，从而提高检测效率和准确性。
①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；②组织中病毒DNA/RNA的检测和定位，原位杂交检测，如EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA的检测；③癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；④基因在染色体上的定位；⑤检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；⑥分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些的诊断和生物学剂量测定等。
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