菌落的裂解及DNA结合于纤维素滤膜
（1） 在一张保鲜膜上制作一个装有0.5mol/L NaOH的小洼（0.75ml），使菌落面朝上，原位杂交，将滤膜放到小洼上，染色体原位杂交，展平保鲜膜，使滤膜均匀湿润，原位杂交检测，让滤膜留于原处2-3分钟。
（2） 用干纸巾从滤膜的下方吸干滤膜，用一张新的保鲜膜和新配制的0.5mol/L NaOH重复步骤（1）。
（3） 吸干滤膜，将滤膜转移到新的带有1mol/L Tris·Cl(pH7.4）的保鲜膜洼上。5分钟后吸干滤膜，再重复一次该步骤。
（4） 吸干滤膜，把它转移到有1.5mol/L NaCl、0.5mol/L Tris·Cl (pH7.4）的保鲜膜小洼上5分钟后吸干滤膜，转移到一张干的滤纸上，置于室温20-30分钟，使滤膜干燥。
（5） 将滤膜夹在两张干的滤纸之间，在真空烤箱中于80℃干烤2小时，染色体荧光原位杂交，固定DNA。
（6） 将固定在膜上的DNA与32 P标记的RNA进行杂交。
同一样本可以多次做原位杂交实验吗?
一般情况下，如果操作没有得到理想的结果，是可以将探针洗涤然后进行再次的杂交的。如果使用的是直标型探针，还可以使用不同探针对同一样本进行反复杂交。针对不同的样本，处理方法略有不同。
原位杂交实操中哪些因素比较重要?
重要的因素：温度、光照、湿度和试剂的PH值。温度和湿度直接影响着探针和目标DNA的杂交效率；光照影响着荧光染料的强度，所以探针要避光保存，其已经杂交的片子可用防荧光淬火剂封片且避光保存；各种试剂pH也要达到要求，这也直接关系到原位杂交的稳定性。
预杂交
1）每个管中置换成大约300ulHYB－溶液，60℃水浴5分钟，避免振荡。
2）用等体积的HYB＋取代HYB－。
3）60℃水浴，预杂交4小时以上。
杂交
1）吸去预杂交的HYB＋，加上100ul已加入探针的HYB＋溶液（探针浓度约为1ng/ul）..
2）60℃ 温浴过夜。
注：杂交与预杂交的温度可以是55到60度不等，温度越低，探针结合越好，温度越高，背景越小。
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