硝化种植系统运行
在上面的图中，大体可以看出来分为种植区和消化分解区。整个系统的运作是有养殖区域的水进行循环泵，循环到这里，经过一些的过滤、发酵等过程，逐渐把水产的中物质转变成作物生长需要的肥料，就是这样一个简单的过程。在实际的运行当中还是需要很强的技术要求的，这些是为了大家更好的理解，用普通的语言进行的描述。
基质栽培法：养殖水体直接与基质培的灌溉系统连接，养殖区排放的废液直接以滴灌的方式循环至基质槽或者栽培容器，经由栽培基质过滤后，又把废水收集返回养殖水体，这种模式设计更为简单，用灌溉管直接连接种植槽或容器形成循环即可。大多用于瓜果等较为高大植物的基质栽培，需注意的地方是，鱼菜共生技术，栽培基质必须选质如豌豆状大小的砾石或者陶粒，这些基质滤化效果好，不会出现过滤超载而影响水循环，不宜用普通无土栽培的珍珠岩、蛭石或废菌糠基质，这些基质因排水不好而容易导致系统的生态平衡破坏。
鱼菜共生对消费者有吸引力的地方有三点：
种植方式、全流程自证清白。因为鱼菜共生系统中有鱼存在，任何农l药都不能使用，稍有不慎会造成鱼和有益微生物种群的死l亡和系统的崩溃。
第二，鱼菜共生系统脱离土壤栽培，避免了土壤的重金属污染，因此鱼菜共生系统蔬菜和水产品的重金属残留都远低于传统土壤栽培。
第三，鱼菜共生系统蔬菜有特有的水生根系，如果鱼菜共生农场带着根配送的话，消费者很容易识别蔬菜的来源，避免消费者产生这颗蔬菜是不是来自批发市场的疑虑。
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