亚细胞定位是查找生物大分子在细胞内的具体存在的位置，如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。常见的亚细胞定位方法有生物信息学预测法、荧光法、GFP融合蛋白表达法。
荧光显微镜技术是一种非常有用的工具，可以帮助我们了解植物细胞中不同细胞器的位置和功能。通过使用不同的标记物，我们可以定位许多其他细胞器，例如核糖体、囊泡和细胞壁。这些信息对于研究植物细胞的生物学过程和开发新的农业技术都非常重要。
GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
黄金纳米棒在癌细胞中的亚细胞定位：Sana Mesiya 等人研究了黄金纳米棒在癌细胞中的亚细胞定位。结果表明，黄金纳米棒定位于癌细胞的线粒体和溶酶体中，逆病毒载体构建，这一发现可能有助于开发基于纳米技术的激光免疫疗法。
槟榔 Catalase 基因的亚细胞定位：梁婷等人通过同源和 RACE 技术获得槟榔全长 cDNA，并对其进行生物信息学分析及亚细胞定位。结果表明，槟榔 Catalase 基因编码的蛋白质可能定位于特定的细胞器中。
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