植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
检测物种或品种特异性：通过植物原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。
遗传育种：通过植物原位杂交技术可以检测到不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。例如，通过将特定的外源基因导入到植物细胞中，然后利用原位杂交技术检测该基因在植物细胞中的位置和表达情况，染色体原位杂交，为遗传育种提供重要的参考信息。
而是对完整的斑马鱼胚胎进行探针杂交及检测，从整体上把握探针的结合部位，然后对胚胎进行切片，以确定探针结合的具体位置。整胚原位杂交在斑马鱼分子生物学研究中是一种非常重要的实验方法，原位杂交的探针可以是同位素的探针，用自显影来检测；也可以是非同位素的探针，通过荧光或酶法予以检测。我们这儿所介绍的一种原位杂交的方法是通过后者，以标记探针，然后用酶联的方法进行检测。
荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization，FISH)技术是在已有的性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非性DNA分子原位杂交技术。它利用荧光标记的核酸片段为探针，与染色体上或DNA显微切片上的特异fl-N：~行杂交，通过荧光检测系统(荧光显微镜)检测信号DNA序列在染色体或DNA显微切片上的目的DNA序列，进而确定其杂交位点。FISH技术检测时间短，检测灵敏度高，无污染，已广泛应用于染色体的鉴定、基因定位和异常染色体检测等领域。
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