EO灭菌适用于不耐热、不耐湿的诊疗器械、器具和物品，在消毒实践中有着广泛的用途。EO用于灭菌主要通过消毒柜/灭菌站等设备设施实现，主要集中在两类企业：无菌器械生产企业灭菌环节和第三方消毒灭菌企业。从到EO消毒灭菌应用，作为行业不可或缺的组成部分，EO应用将随着未来我国行业的快速发展而持续增长，为人们的生产和生活提供化、国产化的坚实保障。
注意菌体外保护物对灭菌效果的影响: 菌体表面含有的有机物越多，环氧乙烷灭菌，越难杀灭；有机物不仅可影响的穿透，环氧乙烷灭菌服务，而且可消耗部分。在无机盐或有机物晶体中的微生物，用难以杀灭。因此进行灭菌前，必须将物品上有机和无机污物充分清洗干净，以保证灭菌成功。灭菌程序需包括预热、预湿、抽真空、通入气化达到预定浓度、维持灭菌时间、清除灭菌柜内气体、解析以去除灭菌物品内的残留。
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