残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，油舱清洗，包括管道、沉淀柜和日用柜。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，船油舱清洗，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。
油舱在清洗之前需要排空，燃油舱清洗，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。
油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。
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