定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，燃油舱 清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。清洗所需时间将取决于油舱的数量和大小，以及上次清洗的时间间隔和人员安排。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，机油舱清洗，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。
进入程序必须遵守国际海事组织第A.1050(27)号决议关于《进入船上密闭舱室的建议案》中的安全措施。在2015年，IMO实行排放控制区（ECA）内使用0.10%m/m含硫量上限的规则生效后，已经有很多船舶采用添加剂的方式清洗燃油舱成功的案例。如果船舶在营运过程中安排人工清洗油舱，船长应首先考虑到人员进入密闭舱室的安全问题。
如果雇佣工程队轮流清洗，则每个油舱至少需要2天，安庆油舱清洗，同样为周全考虑，好为每个油舱预留出4天时间。在2020年1月1日之前，大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。提前预约船舶坞期，并应考虑船坞繁忙可能存在的压港现象；慎重安排船员自行清洗，应考虑到船员人手不足、疲劳、通风不足和安全问题。
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