植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
在ISHH，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。
原位杂交技术在其他生物领域也有广泛的应用，例如：
植物学研究：在植物学研究中，原位杂交技术可以用于检测和定位特定基因的表达，研究基因组结构和进化。此外，还可以应用于植物染色体组型分析、基因组印记研究等方面。
微生物学研究：在微生物学领域，原位杂交技术可以用于研究细菌、病毒等微生物的基因表达和定位，以及它们在环境中的分布和相互作用。例如，荧光原位杂交技术，通过标记特异性探针，可以检测肠道微生物群落中的特定，研究其在人体健康和疾病发生中的作用。
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