GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
亚细胞定位是指在细胞内定位蛋白质、基因或其它分子元件的过程。通过亚细胞定位，可以了解这些物质在细胞中的具体位置、作用和相互关系。在植物细胞中，亚细胞结构包括细胞核、线粒体、叶绿体、质膜、细胞壁等。通过对洋葱细胞的亚细胞定位，可以揭示洋葱中生物活性物质在各个亚细胞结构中的分布情况。
洋葱的亚细胞定位通常采用荧光技术或绿色荧光蛋白标记技术。荧光技术是一种基于抗原-反应的定位技术，通过标记特异性，将目标物质与荧光标记结合，从而对其进行定位。绿色荧光蛋白标记技术则是一种将目标基因与绿色荧光蛋白基因融合，通过观察绿色荧光蛋白的表达情况来定位目标基因的技术。
禾谷菌 CgRab5A 的亚细胞定位研究：刘涵等人利用多片段一步法将 CgRab5A 自身启动子、GFP 片段和 CgRab5A 开放阅读框（ORF）片段到 pKNT 载体上，转化型禾谷菌的原生质体后，通过共聚焦显微镜观察 GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子内的定位情况。结果表明，GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子细胞内均呈点状分布，实时荧光定量，定位于早期内涵体上。
水稻 OsUF 的亚细胞定位：丁作美等人通过得到水稻 E3 泛素连接酶 — 泛素融合蛋白（OsUF）基因的 cDNA 序列，并利用 Gateway 同源重组体系将 OsUF cDNA 全长重组到融合表达绿色荧光蛋白（GFP）的表达载体上，通过农杆菌介导的烟草瞬时表达系统进行亚细胞定位。结果显示，OsUF 蛋白定位在细胞核。
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