染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），tunel检测服务，然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。
随着分子病理技术的蓬勃发展，越来越多的疾病相关分子改变被发现并逐步应用于临床实践中。自21世纪以来，分子病理诊断逐渐受到我国病理学工作者的认可和重视，并逐步在大医院病理科开展起来，特别是在遗传性疾病、感1染性疾病、肿1瘤等方面分子病理诊断已取得了长足的进步。 目前，我国已稳定开展的分子病理技术主要有显色原位杂交、荧光原位杂交、PCR、荧光定量PCR、基因芯片和DNA测序技术。
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