植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1R染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的DNA序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
在研究DNA分子原理的基础上发展起来的一种技术。其基本原理是两条核苷酸单链片段，在适宜的条件下，能过氢键结合，形成DNA-DNA、DNA-RNA或 RNA-RNA 双键分子的特点，应用带有标记的（有性同位素，如3H、35S、32P、荧光素生物素、等非性物质）DNA或RNA片段作为核酸探针，与组织切片或细胞内待测核酸（RNA或DNA）片段进行杂交，然后可用自显影等方法予以显示，原位杂交检测，在光镜或电镜下观察目的 mRNA或DNA 的存在并定位
原位杂交是一项非常重要的生物技术，可以用于研究基因表达和调控，染色体原位杂交，检测基因变异和染色体异常，监测细胞生长和凋亡，以及识别特定的细胞类型或组织。然而，它需要特殊的操作技术和设备，以及严格的对照实验才能获得可靠的结果。
原位杂交是一项非常重要的生物技术，可以用于研究基因表达和调控，原位杂交，检测基因变异和染色体异常，监测细胞生长和凋亡，植物原位杂交，以及识别特定的细胞类型或组织。然而，它需要特殊的操作技术和设备，以及严格的对照实验才能获得可靠的结果。
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