商用消毒柜消毒方式按消毒方式分：有臭氧、紫外线臭氧、红外线高温、超温蒸汽、紫外臭氧、高温等类别。其中，臭氧、紫外线属于超低温消毒，消毒温度在60℃以下，适合各类餐具，适合于不耐高温的塑料、玻璃制品。而红外线高温、超温蒸汽、紫外臭氧加高温属于热消毒或多重组合消毒方式，消毒温度一般达到100℃以上，消毒效果好，适合于陶瓷、不锈钢、能耐高温的制品的消毒。另有一些双门消毒柜上面一层用臭氧消毒，适用不耐高温的餐具消毒;下面一层采用红外线高温消毒，高温消毒柜，用于给能耐高温的餐具消毒。
消毒柜要常通电消毒柜是可代替普通碗柜，并起到避免洁净碗筷二次污染的保洁作用。但是，虽说消毒碗柜的密封性比较好，但是如果里面的红外管长期不发热，柜子里的潮湿空气难以及时排出，附着在餐具上的霉菌照样会滋生，危害人体健康。因此，把带水的餐具放入消毒柜内又不经常通电，这样会导致电器元件及金属表面受潮氧化，在发热管管座处容易出现接触电阻，易烧坏管座或其他部件，缩短消毒柜的使用寿命。消毒碗柜建议一两天通电消毒一次，少也要每周开一两次，这样既起到消毒的目的，又可延长其使用寿命。应将餐具洗净沥干后再放入消毒碗柜内消毒，这样能缩短消毒时间和降低电能消耗。
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