原位杂交（in situ hybridization）将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交，称为原位杂交，使用DNA或者RNA探针来检测与其互补的另一条链在细菌或其他真核细胞中的位置。
原位杂交技术的基本原理是利用核酸分子单链之间有互补的碱基序列，将有放1射性或非放1射性的外源核酸(即探针)与组织、细胞或染色体上待测DNA或RNA互补配对，结合成专一的核酸杂交分子，经一定的检测手段将待测核酸在组织、细胞或染色体上的位置显示出来。为显示特定的核酸序列必须具备3个重要条件：组织、细胞或染色体的固定、具有能与特定片段互补的核苷酸序列(即探针)、有与探针结合的标记物
意义
在研究DNA分子原理的基础上发展起来的一种技术。其基本原理是两条核苷酸单链片段，在适宜的条件下，能过氢键结合，形成DNA-DNA、DNA-RNA或 RNA-RNA 双键分子的特点，应用带有标记的（有性同位素，如3H、35S、32P、荧光素生物素、等非性物质）DNA或RNA片段作为核酸探针，与组织切片或细胞内待测核酸（RNA或DNA）片段进行杂交，然后可用自显影等方法予以显示，分子病理技术服务，在光镜或电镜下观察目的 mRNA或DNA 的存在并定位；用原位杂交技术，可在原位研究细胞合成某种多肽或蛋白质的基因表达。此方法有很高的敏感性和特异性，可进一步从分子水平来探讨细胞的功能表达及其调节机制。已成为当今细胞生物学、分子生物学研究的重要手段。
分子病理学在蛋白质和核酸等生物大分子水平上，应用分子生物学理论、技术及方法研究疾病发生L发展的过程，从而为传统的病理学注入了生机。在如今的临床病理诊断过程中，运用核酸原位杂交、PCR技术、免1疫荧光、免1疫组织化学染色等技术，能够更加深化对疾病的本质认识，对于肿1瘤的诊断和治1疗也有着临床的指导意义。分子病理学诊断主要应用于以下几个方面：1、对于肿1瘤易感基因的检测，对于肿1瘤高危人群的筛检具有实用价值，如检测GSTπ基因以判定个体暴露于致癌物是的致癌危险性。2、肿1瘤相关病毒的检测，如采用原位杂交方法检测标本中HPV、EBER等病毒。
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