






亚细胞定位的应用实例:
蛋白质亚细胞定位预测算法:王艺皓等人提出了一种基于堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络的蛋白质亚细胞定位算法。该算法首先对蛋白质序列进行特征提取并融合,然后输入到 SDAE 深度网络自动学习更有效的特征表示,后选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测。实验结果表明,该算法可以有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。
原理简介
GFP、RFP等荧光蛋白因其的荧光性质和灵敏性,常作为报告基因研究并分析基因产物在细胞中的定位和相互作用等。将目标蛋白与荧光蛋白的N端或者C端融合,通过瞬时转化技术或稳定遗传转化技术,使得该融合蛋白在受体材料细胞内表达,目标蛋白会牵引荧光蛋白一起定位到目标细胞器,通过显微镜观察荧光蛋白在细胞内显示的位置,确定目标蛋白的位置,从而确定目标蛋白的亚细胞定位情况。

标准分类器在蛋白质亚细胞定位中的评估:Debasish Mohapatra 等人对三种标准分类器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白质亚细胞定位预测中的性能进行了比较。实验结果表明,SVM 在准确性和宏观平均精度方面表现较好,慢病毒载体构建,而 CART 在宏观平均召回率和宏观 F1 分数方面表现较好。
基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测:Yu-Huan Jin 等人介绍了一种基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测方法。该方法利用蛋白质的氨基酸组成进行预测,通过 Jackknife 交叉验证和独立数据集测试表明,AdaBoost 是一种稳健有效的模型,预测准确率高于其他现有预测器。
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