标志性分子检测是外泌体鉴定的，ISEV推荐检测的阳性标志物包括跨膜蛋白CD63、CD9、CD81，溶质蛋白TSG101、Alix等，同时需检测Calnexin等阴性标志物，排除杂质干扰。常用检测方法包括Western Blot（WB）与流式细胞术：WB通过电泳分离、转膜、孵育等步骤，检测特定蛋白条带，可验证标志物的存在，但操作繁琐、灵敏度较低；流式细胞术借助荧光标记与外泌体表面抗原结合，可快速、定量检测表面标志物表达，确定外泌体纯度与数量，但对样本纯度要求较高，易出现假阳性结果。
值得关注的是，原位外泌体检测技术的兴起，外泌体电镜，打破了传统检测需裂解外泌体的局限，可直接对完整外泌体内的核酸进行分析，减少样本处理步骤，降低核酸丢失与降解的风险，为液体活检技术的升级提供了新路径，其在诊断与个性化中的转化潜力备受关注。同时，单外泌体分析技术（如基于SPR的微流控技术）可解析外泌体的异质性，为异质性研究提供了新工具。
外泌体电镜-武汉贝科新肽科技公司(图)由武汉贝科新肽科技有限公司提供。“原位杂交,亚细胞定位,蛋白互作,启动子筛选”选择武汉贝科新肽科技有限公司，公司位于：湖北省武汉市洪山区关山大道289号紫菘逸景华庭二期109栋2层2002-3号，多年来，贝科新肽坚持为客户提供好的服务，联系人：夏先生。欢迎广大新老客户来电，来函，亲临指导，洽谈业务。贝科新肽期待成为您的长期合作伙伴！