次氯酸水消毒剂中的次氯酸是以不携带电荷的分子形式存在，而细菌表面带有负电荷。像磁铁一样，具有相同电荷的分子会相互排斥。例如，带负电的次氯酸根离子会和细菌表面互相排斥，手部消毒，所以次氯酸根离子杀菌的能力较差。很容易穿透细菌细胞壁，可以氧化细胞壁以细菌或者通过细胞壁进入并破坏细菌内的重要组成成分。
次氯酸的杀菌能力是次氯酸根的80倍。在杀菌、杀病毒的过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，手部消毒技术性能，而且由于次氯酸分子小，不带电荷，可渗透入菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸、酶等发生氧化反应，导致病原微生物。研究表明，在接近中性(pH6.20-6.80)时，有效氯几乎完全以分子的形式存在。
次氯酸水消毒剂对不锈钢无腐蚀作用，对铜、铝、有轻度腐蚀作用，对碳钢有中度腐蚀作用。为避免因长期使用对金属制品造成的伤害，手部消毒性能，对可能被腐蚀的金属制成的物品消毒后，应根据消毒级别的要求，手部消毒方案，用自来水或无菌水冲洗。不同浓度或配方的制剂及不同企业生产的产品稳定性有差别；通常，在密闭、避光条件下，恒温54℃存放14d的有效氯下降氯<10% ，指标其常温下有效期为12个月。
在同等保存条件下，如果保存超过3个月以上，其他工艺的消毒剂中的有效氯自然衰减会无法达到有效消毒的效果。
由此我们可以得知，在同等杀菌效果的前提下，同等的保存方式下，消毒剂的浓度越低，质保期越长，就说明生产工艺越，对环境的负担越小，价钱自然也越高。
所以在消毒剂行业中，要达到1年质保期的其他工艺的次氯酸水消毒剂，需要将浓度提升到100ppm甚至更高，如250ppm以上，才能在质保期内抵消有效氯的自然衰减，从而达到既定的消毒效果。
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