新兴的分离技术中，微流控芯片技术凭借快速、、低样本消耗的优势，成为临床转化的重点方向，其基于微通道设计，可通过尺寸筛选、免疫捕获等原理，实现外泌体的快速分离与纯化，部分基于纳米材料的微流控技术可实现高纯度分离，外泌体检测服务，大幅提升检测效率。此外，EXODUS系统等新型纯化系统，与传统离心法相比，在分离效率与样本活性保留上具有一定优势，已被用于牛奶、尿液等体液中外泌体的分离研究。
与扫描电镜不同，TEM需要将样品制备成超薄切片（厚度通常为50~100 nm）或直接将纳米级样品吸附在载样网上，确保电子束能够穿透样品。对于外泌体样品，通常采用负染法或正染法进行染色处理，以增强样品与背景的对比度，便于观察外泌体的形态和结构——负染法是利用高电子密度的重金属盐（如磷钨酸、醋酸铀）包裹外泌体表面，使背景呈现深色，外泌体呈现亮白色的“亮核暗晕”形态；正染法则是让重金属盐渗透到外泌体内部，使外泌体呈现深色的“暗核亮背景”形态，两种染色方法各有优势，可根据研究需求选择使用。
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