依托改造后的根癌农杆菌Ti质粒T-DNA转移系统，去除质粒致瘤基因，构建安全的二元载体、三元载体系统。将目的基因与筛选标记基因插入T-DNA区域，在农杆菌Vir毒蛋白的诱导作用下，T-DNA切割、转移并整合至水稻细胞核基因组，实现外源基因的稳定插入与表达。常用农杆菌菌株为EHA105、AGL-1，适配水稻愈伤组织侵染体系。
适用受体材料受体为水稻成熟种子诱导的胚性愈伤组织，材料获取不受季节、生育期限制，可全年开展转化实验；其次可选用水稻幼胚、幼穗诱导愈伤，再生能力更强，但取材受限。粳稻愈伤诱导与再生效率显著优于籼稻，籼稻是目前水稻转化的主要难点材料。
当前玉米基因转化技术朝着无标记、率、广基因型、整合方向发展。结合CRISPR/Cas9基因编辑技术实现定向转化，规避随机整合缺陷；优化三元载体系统与形态调控基因瞬时表达技术，番茄组培，建立不依赖特定基因型的通用转化体系；同时结合成熟胚转化、体外快速再生等技术，缩短育种周期，推动玉米从科研试验走向化、化、商业化育种应用。
植株分化与生根培养将阳性胚性愈伤转入分化培养基，光照条件下培养，诱导芽体分化、幼苗生长；待幼苗长至3–5cm、具备完整茎叶结构后，转入生根培养基诱导根系生长，培系发达、长势健壮的完整组培苗。 炼苗移栽与分子鉴定打开组培瓶封口膜，室内炼苗3–5天，适应外界温湿度环境后，清洗根部培养基残渣，移栽至温室大田培养，获得T0代植株。提取植株基因组DNA，通过PCR、荧光定量PCR、Southern杂交鉴定外源基因整合与表达情况；收获T1及后代种子，连续自交筛选，获得遗传稳定的纯合株系。
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