主要应用场景一是水稻种质改良与新品种培育，通过导入抗虫、抗稻瘟病、抗白叶枯病、抗除草剂、耐盐碱、低镉积累、蒸煮品质等功能基因，培育高产、、绿色、抗逆的水稻品种；二是基因功能解析，通过基因过表达、沉默、敲除体系，研究水稻生长发育、逆境响应、物质合成代谢的分子机制；三是分子育种，结合基因编辑技术实现水稻定向性状改良，缩短育种周期。
种子消毒与接种选取饱满、无霉变、无破损的水稻成熟种子，人工脱壳去除颖壳。无菌超净台内操作：75%乙醇浸泡30 s，无菌水冲洗；再用2%次浸泡15–20 min，烟草转化，期间不断摇晃；无菌水冲洗3–5次，残留消毒液。吸干种子表面水分，均匀接种于诱导培养基。注意：消毒不极易大面积污染；消毒过度会灼伤种胚，导致无法诱导愈伤。
胚性愈伤挑选（重中之重）培养2周后开始观察，挑选色泽淡黄、颗粒致密、干燥饱满、不水渍、不褐化的胚性愈伤。舍弃松软发白、透明水渍、发黑褐化、长根长芽的非胚性愈伤。愈伤是转化成功的，劣质愈伤侵染后几乎全部或无法分化。
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