既要充分保留被测核酸，（特别是RNA）不被降解，又要尽可能维持原有组织或细胞的形态结构。
步骤：基本与免1疫组织化学技术相似，即组织要求新鲜和迅速投入固定液。固定液为4%多聚甲醛/0.1 M PBS（PH7.0-7.6），含有1/1000 DEPC。标本较大时用刀片切成厚度不超过4mm的小块，固定1小时即可，较大的标本固定不要超过2小时。某些组织对过度固定尤其敏感，如动物大脑，植物RNA原位杂交测试服务，固定时间30-40分钟，一般不要超过1小时。取材过程中避免手指、唾液和未经RNA酶抑制处理的器具接触标本。冷冻切片以厚5~30um佳，40℃烤箱内干燥2小时后储存在-80℃超低温冰箱，在-20℃可保存２～３周，在-70℃可保存数月之久。
随着分子病理技术的蓬勃发展，越来越多的疾病相关分子改变被发现并逐步应用于临床实践中。自21世纪以来，分子病理诊断逐渐受到我国病理学工作者的认可和重视，并逐步在大医院病理科开展起来，特别是在遗传性疾病、感1染性疾病、肿1瘤等方面分子病理诊断已取得了长足的进步。 目前，我国已稳定开展的分子病理技术主要有显色原位杂交、荧光原位杂交、PCR、荧光定量PCR、基因芯片和DNA测序技术。
分子病理应用的检测样本主要包括石蜡组织、新鲜组织、脱落细胞、全血及其他体液等。石蜡切片标本厚度应在4-6μm，切片数量依据组织大小而定。样本质量对检测结果和分析至关重要，病理医师需要对可评估的样本进一步明确病理诊断，并评价标本有无出血、坏死和不利于核酸检测的前处理(例如含HCl脱钙液处理)，病变细胞(如细胞)的总量和比例，避免假阴性。进行NGS检测前需通过病理诊断明确其的性质及含量，根据不同类型选择合适的基因panel测序。组织标本中细胞含量建议达到20%以上，低于此标准可富集后检测。未经病理评估的基因检测结果不可单独用于分子病理临床诊断目的。
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