基于共线性分析检测得到菌株变异，应该如何解读？
基于共线性分析检测，可以得到目标菌株不同类型的变异，二代高通量测序检测，一般按照变异对蛋白序列的影响严重程度，优先关注影响较大的基因。一般可参考如下顺序：基因插入缺失>导致移码突变的InDel>非移码InDel≈非同义SNP>同义SNP。其中基因插入缺失，特别是新基因的插入，通过重测序手段往往难以检测到。这也是为什么我们更推荐基于组装结合比较基因组手段检测变异的原因之一。
1. 空间全长转录组，空间全长转录组是指使用三代ONT测序技术直接读取Stereo-Seq或10X Visium处理获得的、具有空间位置条形码的全长CDNA，通过分析获得每个spot位点的isoform定量结果和可变剪切事件。它不仅能够确定细胞中所有RNA分子的完整序列，而且还能保留这些转录本在组织切片中的原始位置信息。对于理解基因表达的空间分布、细胞间的相互作用以及不同组织区域内的细胞异质性具有重要意义。
1. 全长lncRNA测序，全长IncRNA测序是指无需对去除rRNA后的RNA进行打断，二代高通量测序检测服务，直接获取逆转录cDNA的5’端到3’端全长序列。不依赖于Poly(A)尾富集，同时对含有Poly(A)尾和不含有Poly(A)尾的IncRNA转录本进行鉴定和定量，二代高通量测序，并系统的进行可变剪切分析。应用于发育生物学、学研究、免疫、环境毒理研究等。
2. TAIL Iso-seq，二代高通量测序服务，基于三代ONT测序的TAIL Iso-seq可以准确量化转录本的Poly(A)尾长度，同时分析可变剪接、融合基因、鉴定新异构体，定量转录本表达水平，深度解析Poly(A)尾在基因表达调控中的作用。主要应用于功能基因组、生长发育、作物防御、作物遗传改良、林木遗传育种、环境适应、免疫反应、动物育种、疾病/发展。
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