






1. 抗性基因(ARGs)分析,抗性基因(ARGs)是一种新型、持久性的环境污染物,二代高通量测序,细菌中携带ARGs的质粒、整合子以及转座子等可在菌株间发生水平基因转移,菌株后携带ARGs的DNA在环境中长期存在。本分析使用ONT测序技术得到DNA完整序列,通过生物信息分析研究环境微生物中ARGs的分布及其序列,从而可进一步挖掘其功能及机制。
三代ONT重测序
重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,通过与参考基因组序列比对,获得个体或群体的差异。
Nanopore测序由于读长长的特点,二代高通量测序检测服务,可直接跨越结构变异的位点,二代高通量测序检测机构,可检测大片段的结构变异(SV),包括大片段的插入、缺失、倒置、易位等序列。
BSA性状定位
针对目标性状,选取表型差异的亲本构建家系,并采用混池分组分析法(Bulk Segregant Analysis,BSA)进行性状定位。通过对表型子代分别构建的两个样本池及亲本进行测序,检测与目标性状相关的遗传变异,二代高通量测序检测,并进行功能注释,从而解析控制该性状的关键基因及其调控机制。
2020年发表在Trend in Plant Science期刊上的 "Super-Pangenome by Integrating the Wild Side of a Speciesfor
Accelerated Crop lmprovement”一文中提出了超级泛基因组的概念,并提出早起的泛基因组局限于单个物种,缺乏了在属水平的基因组多样性。近年来,越来越多的研究团队发表属水平超级泛基因组,为性状定位和分子育种提供重要基础。
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