三代ONT测序技术-三代ONT测序-武汉贝科新肽科技公司

基因组survey

基因组Survey分析（也称为基因组调研图分析）是基因组学研究的基础步骤，通过对基因组的初步测序与分析，研究人员能够获得关于基因组大小、杂合度、重复序列比例等关键信息。这一过程不仅为全基因组组装研究奠定基础，还为项目规划、数据质量评估提供了关键参考。

基因组Survey分析的技术原理

基因组Survey分析的是k-mer分析，通过对测序数据中的短片段进行分布统计，三代ont测序，预测基因组特征。不同频率的k-mer分布揭示了基因组的杂合度和重复序列的比例，三代ONT测序，k-mer分析的结果帮助研究者了解基因组的大致情况。

简单而言，k-mer是一段长度为k的序列，而后面的mer即为monomeric unit（单体单元），即把测序reads分成长度为k的单元，步长为1。因k-mer包含k个碱基，若一段核酸序列长度为L，以一个碱基为步长进行滑动，三代ONT测序公司，那么根据这个核酸序列就可以得到L-k+1个mer。下图以长度为11nt的DNA序列为例，选取k=4，则会得到（11-4+1=8）个4-mer。

1. 二代微生物多样性，是指利用合适的通用引物扩增环境中微生物的16S rDNA/18S rDNA /ITS高变区或功能基因，通过二代高通量测序技术检测PCR产物的序列变异和丰度信息，三代ONT测序技术，分析该环境下的微生物群落的多样性和分布规律，以揭示环境样品中众多的微生物种类及它们之间的相对丰度和进化关系。

2. 多组合分析，基因组反映什么可以发生，转录组反映事件即将发生，蛋白组反映什么正在发生，代谢组反映事件已经发生。从转录组到蛋白组再到代谢组，从核酸，蛋白质和内源性小分子三个层面系统反映生命体的状态，通过不同的处理样品间的比较，系统阐述拟解决的科学问题。

Smart 细菌完成图是指先用高准确度的二代数据（

Illumina或BGI-seq）对基因组进行组装，组装过程中使用Nanopore长序列对有分支的点进行覆盖，连接成完成图，后再用二代数据进行纠错。该策略可以快速得到高质量的细菌基因组完成图，错误率降低到0.001%水平。

一、Smart细菌完成图的优势

1. 更快捷：测序完成后一周内完成全部分析内容。

2. 更经济：用更少的经费获得更多成果。

3. ：二代数据决定准确度，错误率低至0.001%；较使用三代数据直接组装后纠错错误率降低一个数量级。