群体进化分析，对于参考基因组选择有什么要求？
为研究多个菌株之间的进化顺序和起源关系，可以选择这些菌株之间的单拷贝基因作为遗传标记，构建进化树，并以此为基础进行地域传播、分歧时间、选择压力等相关研究。一般来说，选择的基因组间亲缘关系越远，单拷贝基因的数目也就越少。如果单拷贝基因的数目低于一定限度，如数百个基因以下，则进化树的精度会受到影响。以典型的应用场合为例，可以选择5株左右同一属的菌株，再额外选择2株左右临近属的菌株作为外群，总共5~8株菌株用于构建进化树。
1. Isoform 定量全长转录组，超过90%人类基因通过可变剪切产生异构体（Isoform），平均每个基因产生3-6个Isoform（每种细胞类型表达高的2个lsoform），其中60%的剪切变体会编码出不同的蛋白质异构体，二代转录组一般对基因进行定量（基于转录本进行GO、KEGG等分析），Isoform定量转录组可实现转录本的定量，对基因的每一个Isoform进行解析。
Smart细菌基因组完成图是否可以组装出质粒？
细菌细胞内一般会存在部分质粒，全基因组重测序，Smart细菌基因组完成图可以组装出部分质粒信息，但是由于建库的长度以及质粒的数量限制，不保证完全组装出所有质粒。
为何Smart细菌完成图选择Nanopore+二代的测序策略？
受测序片段长度的限制，细菌基因组序列通常需要利用软件算法将大量测序片段拼接起来，而细菌基因组中重复序列的存在，则会大大增加拼接的复杂度。细菌重复序列的大小从几百bp到7 Kb不等，使用二代数据进行组装，得到高质量的Contig，再用Nanopore数据（为什么不是PacBio数据，因为不够长）将contig连接成完成图，然后再用二代进行纠错。成功解决Nanopore序列数据质量低和二代短序列组装难的问题，得到高质量的细菌基因组完成图。
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